北京同仁堂研究院组建于2007年，是由同仁堂股份集团科学研究所、同仁堂科技集团研究所及北京中研同仁堂医药研发有限公司三个单位组成的科研平台，还包括一个国家级中药复方新药工程研究中心和一个博士后工作站。
同仁堂研究院科研力量雄厚，现共设有四个管理部室、六个研发部室、五个中心涵盖了中药制剂、质量分析、药理药效、临床、保健食品等全方位的研究；建有良好条件的各类综合实验室，具备较高水平的各类实验仪器设备，包括制备液相、超高压（速）液、中压液相等液相色谱仪、气液相色谱仪、薄层自动点样、展开、成像系统、近红外光谱仪、液质连用仪器、原子吸收光谱仪、激光粒度测定仪器、紫外分光光度仪等先进的研究仪器设备；同时建立了一支高学历、高素质、高水平的研究开发人员队伍。在企业办研究机构中，研究院的人数、规模、学历等级等方面在行业内都是名列前茅。
研究院主要针对中药复方新药、新产品转化、现有品种二次科研、出口产品、食品和保健食品开发、新技术的开发与应用等方面开展研究，并承担了多项国家及北京市各类政府支持项目。研究院努力实现中药复方新药及相关技术全系统、全覆盖、全过程的研究开发，全力为产品公司服务、推进成果转化、解决生产经营实际问题，为同仁堂公司乃至中药行业发展提供科研支撑和贡献。
2015年，同仁堂研究院将根据集团和行业发展的要求，进一步发展和完善科研大平台建设。为此，研究院坚持以人为本，为所有致力于同仁堂研究院可持续发展和为中医药事业奋斗的有志人士提供极具人性化的工作环境和广阔的事业发展空间。